Registr účtů by měl začít fungovat po 16 měsících od účinnosti zákona. Podle ministerstva financí to bude nejspíš v první polovině roku 2018. Údaje v registru se budou denně aktualizovat. V případě závažného podezření z trestné činnosti mohou informace z něj žádat Generální ředitelství cel a Generální finanční ředitelství, státní zástupci, soudci, zpravodajské služby a Finanční analytický útvar resortu financí.
Registr umožní na základě jednoho dotazu nejpozději do 24 hodin zjistit, ve které bankovní instituci má podezřelý subjekt zřízený účet. "Odpadne tím plošné dotazování řádově desítek institucí, jako je tomu nyní, minimalizuje se riziko úniku informací v citlivých kauzách a výrazně se zvýší rychlost přístupu k informacím," uvedl ministr financí Andrej Babiš (ANO). Současná doba odpovědi jednotlivých finančních institucí je v řádu dní až týdnů, což je doba, během které stát ztrácí reálnou možnost účinně zasáhnout, například zablokováním a odčerpáním výnosů z trestné činnosti na příslušných účtech.
Rychlé získání informací napomůže vyšší efektivitě v boji proti daňovým únikům, praní špinavých peněz nebo financování terorismu. "Centrální evidence účtů je tak důležitým pilířem, který výrazně zvýší také akceschopnost Kobry," zdůraznil Babiš.
Zřízení registru kritizuje opoziční ODS, podle níž registr naruší svobodu občanů. Ministerstvo financí však oponuje, že k obavám není důvod. Registr totiž nebude uchovávat citlivá data o zůstatcích a pohybech na účtech klientů. Předmětem evidence bude pouze samotná existence účtu.
Podobný systém již funguje i v jiných evropských státech, například ve Francii, Španělsku, Německu, Rumunsku nebo v Itálii. Zřízení takového registru doporučuje i Evropská unie.